Study of Acinetobacter baumannii reservoir in Lebanon

A. baumannii est une bactérie principalement responsable d’infections nosocomiales. Ce travail vise à étudier l'épidémiologie moléculaire de souches cliniques d'origine hospitalière et de souches isolées hors de tout contexte hospitalier au Liban. Nous avons analysé des souches isolées d'hôpitaux, 66 % étaient résistantes aux carbapénèmes et le gène blaOXA-23-like étant prépondérant. Le typage par multi locus sequence typing (MLST) a révélé la prédominance du ST2. Dix-sept autres ST(s), dont 6 nouveaux, ont par ailleurs été identifiés. Nous avons réalisé une analyse épidémiologique plus approfondie de 42 souches d'origine nosocomiale. Les résultats ont montré la présence d'un seul clone chez 28 souches réparties à Tripoli et à Beyrouth. L'épidémiologie extrahospitalière a été étudiée sur des prélèvements collectés dans le Nord du Liban. 42 souches ont été identifiées dans l' environnement et chez des animaux. Contrairement aux souches cliniques, les souches étaient sensibles aux antibiotiques. Les résultats du typage par MLST ont montré la présence de 36 ST(s), dont 24 nouveaux. Le séquençage du gène blaOXA-51-like a identifié 34 variants, dont 21 nouveaux. Ce travail a permis de montrer que le Liban était un pays à forte endémie d’A. baumannii résistants aux carbapénèmes. Nous avons ainsi mis en évidence que les clones circulant dans l'environnement étaient globalement différents de ceux isolés lors d’infections chez l’homme. Cette étude montre qu'il n'y a pas de lien direct entre les souches cliniques et l'environnement extra-hospitalier mais qu'il existe une niche potentiellement animale qu'il conviendrait d'explorer par des études plus larges et détaillées.